O museu funciona na sede da instituição construída por Hassis em 1969. Abriga a sala Expo por Expo, com exposições de longa duração a partir do acervo de Hassis. As coleções legadas pelo artista serão acondicionadas em duas reservas técnicas, uma delas construída especificamente para este fim. Além disso, a Fundação tem uma sala de laboratório de conservação. Uma réplica do ateliê do artista fica em exposição permanente na antiga garagem da residência, que contém um mural pintado por Hassis em exercício para o Mural da Igrejinha da UFSC.
Em julho de 2006, o Museu Hassis abre o Espaço Vento Sul com exposições temporárias de artistas contemporâneos de Florianópolis. A Fundação Hassis trabalha ainda na abertura de uma biblioteca especializada em artes visuais, além de uma cafeteria nas dependências da casa de Itaguaçu.