Especializado no tratamento de doenças infecciosas e parasitárias, o Hospital Nereu Ramos atendia, no começo de sua história, pacientes de tuberculose.
Com o surgimento da AIDS, nos anos 1980, passou a receber pacientes do vírus HIV, sendo referência estadual na área, com uma ala especializada.
Entre outras especialidades do hospital, vinculado à Secretaria Estadual de Saúde, estão os serviços de pneumologia, tisiologia e infectologia.