A Secretaria de Administração concentra uma série de funções, que têm como objetivo garantir a prestação de serviços administrativos para a implementação das atividades fins, desenvolvidas pelas Secretarias da Prefeitura de Joinville. Cabe à Secretaria de Administração, por exemplo, cuidar da contratação e pagamento de pessoal, realizar licitações para aquisição de material ou contratação de serviços para a maior parte dos órgãos da Prefeitura e coordenar os serviços de protocolo.