Idealizado pelo professor Oswaldo Rodrigues Cabral, da Universidade Federal de Santa Catarina, o espaço busca compreender a realidade sócio-cultural da região de Florianópolis e Litoral catarinense.
Nos primeiros anos, o museu funcionou como Instituto de Antropologia, que buscava a pesquisa e documentação de práticas das culturas popular e indígena. Em 1980 ganhou a atual nomenclatura de Museu Universitário.
Hoje em dia, o museu desenvolve atividades de pesquisa e ensino em Arqueologia (pré-colonial e histórica), Etnologia indígena e Cultura popular. Entre os destaques do museu está o acervo arqueológico da UFSC, que começou a ser reunido a partir de 1960 com material de sambaquis e outros sítios pré-coloniais.
Para conhecer o acervo, é preciso marcar a visita com antecedência por telefone.